温州市原种场成立于1960年2月，现为市现代集团所属事业单位。1961年2月，温州专区原种繁育场与瑞安县丰产片合并成立瑞安农科所。1963年1月，恢复更名为温州专区飞云江原种繁育场。1970 年1月，与瑞安市种子站、瑞安县良种繁育场合并为瑞安县良种繁育场。1974年3月，恢复为温州地区飞云江原种场。后来更名为温州地区原种场，地区撤销时，名称确定为温州市原种场至今，单位性质为差额事业单位。2011 年根据市委、市政府组建农投集团工作方案的要求，原种场划转农投集团管理，继续保持事业单位性质，原有职能和管理体制不变。2020年1月跟随农投集团划转至温州市现代集团。

现主要职责为：

（1）承担国家和省农业部门下达的农作物新品种区域试验、生产试验等任务；

（2）农作物良种的选种、留种、繁育及栽培技术的研究；

（3）农场国有资产经营管理；

（4）对瑞安市乔里加油站的投资管理。